Vì bị săn bắt cực kỳ thái quá nên loài cá sấu này đang đứng trước nguy cơ tuyệt chủng và nó được xếp vào trong danh sách các loài đang cực kỳ nguy cấp. Năm 1992, người ta tin là loài này đã tuyệt chủng, hoặc gần tuyệt chủng trong tự nhiên. Kể từ đó, các cuộc khảo sát đã phát hiện ra những quần thể rất nhỏ tại Thái Lan (2 con). Các nhà bảo tồn đã tìm thấy ổ các cá sấu Xiêm con ở tỉnh miền nam của Lào là Savannakhet và ở khu vực xã Ea Lâm (Sông Hinh, Phú Yên) (ít hơn 100 con)[3]. Điều này làm tăng hy vọng cho loài gần như tuyệt chủng này có cơ hội sống sót.

Tại Công viên Quốc gia Bang Sida tại Thái Lan, gần Campuchia, hiện có một chương trình đưa cá sấu Xiêm trở lại tự nhiên. Một số cá sấu con đã được thả vào các vùng nước hẻo lánh trong tự nhiên trong khu vực công viên quốc gia, mà khách tham quan không tới được.

Tại Trung tâm cứu hộ động vật hoang dã Phnom Tamao ở Campuchia, người ta đã tiến hành nghiên cứu DNA của 69 cá sấu năm 2009, và xác nhận rằng 35 trong số đó thuộc họ C. Siamensis thuần chủng. Những nhà bảo tồn thuộc tổ chức Fauna and Flora International and Wildlife Alliance đã có kế hoạch sử dụng những cá sấu này để nhân giống, hợp tác với Bộ quản lý rừng Campuchia.